Genetske škarje za prepoznavo koronavirusa

Raziskovalna skupina s kalifornijske univerze v San Franciscu je razvila hiter test za zaznavanje prisotnosti virusa SARS-CoV-2 v brisu nosno-žrelnega predela domnevnih bolnikov ali bolnic. Test je zmožen zaznati okužbo v manj kot eni uri, medtem ko danes najpogosteje uporabljeni testi potrebujejo približno 5 ur za zaznavo novega koronavirusa. 

Odkrivanje števila okuženih je ključnega pomena pri spremljanju in obvladovanju širjenja novega koronavirusa, kar pa nadalje zahteva hitre in enostavno izvedljive teste za zaznavo virusa. Danes se prisotnost novega koronavirusa večinoma potrjuje s testom PCR. Ta se zanaša na pomnoževanje določenega dela genoma virusa, ki je edinstven za novi koronavirus. Če virus v domnevnem bolniku ali bolnici ni prisoten, se del genoma ne bo pomnožil. Nasprotno pa bo prisotnost virusa privedla do pomnožka DNK točno določene velikosti.

Izvedba celotnega testa za preverjanje prisotnosti novega koronavirusa s PCR traja skupaj od 4 do 6 ur. Prav tako nekatere bolnišnice nimajo dostopa do potrebne opreme za izvedbo testa, zaradi česar morajo vzorce pošiljati v druge laboratorije, kar dodatno zamakne potrditev diagnoze. 

Avtorji raziskave so v svojem testu uspeli skrajšati čas izvedbe testa za novi koronavirus na manj kot eno uro. Podobno kot standardni test se novi test zanaša na pomnoževanje določenega dela virusnega genoma, vendar so raziskovalci zamenjali metodo pomnoževanja s PCR z metodo LAMP. Pri tej se reakcija pomnoževanja zgodi v približno pol ure, namesto v petih.

Za preverjanje, ali je pomnoženi del genoma res iz genoma novega koronavirusa, so avtorji uporabili sistem CRISPR/Cas. Slednji je v zadnjih letih izredno pospešil razvoj genske manipulacije zaradi svoje izredne natančnosti rezanja DNK na točno določenih mestih. Prav to lastnost natančnega rezanja DNK so raziskovalke in raziskovalci uporabili pri zaznavi novega koronavirusa, s tem da CRISPR/Cas razreže pomnoženi del genoma samo takrat, ko je genom res iz SARS-CoV-2. Razrezane fragmente virusne DNK se lahko na koncu enostavno že s prostim očesom opazi na za ta namen pristavljenih trakovih. 

Novi test se je v raziskavi po natančnosti in zanesljivosti izkazal za primerljivega s standardnim testom, ki je danes v uporabi za zaznavanje novega koronavirusa. Za splošno uporabo trenutno prestaja še klinične preizkuse, vendar bo ob njihovem uspešnem prestanju najverjetneje kmalu prišel v širšo uporabo po svetu.