Spoznajmo nov genom

Raziskovalna skupina z Univerze v Marylandu v ZDA je s sekvenciranjem pridobila zapis genoma oziroma celotnega DNK-zaporedja vrste Callinectes sapidus, po slovensko sinje plavajoče rakovice.

Sinje plavajoče rakovice izvirajo z zahodne obale Atlantskega oceana in so se kot invazivna vrsta uspešno razširile po vsem svetu, med drugim jih najdemo tudi v Sredozemskem morju. Z njimi se hranijo večje morske ptice, želve in velike ribe, poleg tega pa so tudi kulinarična specialiteta, še posebej v Ameriki, in zato ekonomsko pomembna vrsta. Kot invazivna vrsta pa zaradi pomanjkanja naravnih plenilcev v novih okoljih ogrožajo vodne ekosisteme.

Kljub zapletenemu življenjskemu ciklu lahko omenjene rakovice gojimo v umetnih sistemih in predstavljajo živalski model za študije rasti in razmnoževanja deseteronožcev. S sestavljanjem celotnega genoma so ugotovili, da ta vsebuje med 40 in 50 kratkih kromosomov, ki skupaj predstavljajo približno eno tretjino skupne dolžine človeškega genoma. Genom rakovice sestavlja 24 tisoč genov, kar pa je primerljivo s človekom. 

Ker imamo posamezniki iste vrste nekoliko drugačen genom, je za takšno študijo pomemben izbor najbolj reprezentativnega vzorca oziroma živali. Za določitev genoma so tako leta 2018 iz narave prinesli več mladih samic. DNK za določitev genoma so izolirali iz potomke ene izmed rakovic, ki se je uspešno razmnožila v ujetništvu. Pri tem so uporabili dvanajst različnih vrst tkiva, različne tehnologije sekvenciranja in številne programe za bioinformatsko analizo sestavljanja sekvenc in določitev genov.

Genom bo prosto dostopen za vse, že zdaj pa načrtujejo študije, ki bodo usmerjene v razumevanje rasti in razmnoževanja rakovic. To bo pomembno tako za čim bolj učinkovito gojenje kot za izlov in vzdrževanje dobrega stanja morskih ekosistemov. 

Zbritoff je pripravila Katarina.